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シングルセルRNAアレイの開発と医薬応用

シングルセルRNAアレイの開発と医薬応用
单细胞RNA阵列的开发和医学应用
批准号：
16659022
负责人：
杉本 幸彦
金额：
$2.24万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2004
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2004 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16659022/
关键词：
シングルセルマイクロアレイトランスクリプトームシステムバイオロジーマスト細胞レーザーマイクロダイセクションRNA増幅法胃

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项目成果

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マイクロアレイ解析は、薬剤の薬効や毒性の評価に強力なツールであるが、マイクログラム単位のRNAを必要とするために、臓器や組織といったヘテロな細胞集団を用いて行われている。ある臓器である遺伝子の発現変化が見られた場合、実際にこの変化がどの細胞で起きたのか、構成細胞の変化によるのかを調べるためには、有効な解析手段が存在しなかった。そこで本研究では、臓器を構成する細胞の種類毎にRNAを増幅してスポットしたアレイを作製し、特定の遺伝子がシングルセルレベルでどのように発現変化するかを高感度で検出する解析系を確立することを目的とする。本研究を達成する上で最も問題となるのは、臓器内に疎らに散在する細胞のRNAをいかに単離してこれを増幅するかである。そこで研究代表者は、胃体部に存在するマスト細胞に焦点を当て、マウス胃切片からのマスト細胞RNA単離と増幅を試みた。マスト細胞の剥離は、パッチクランプ用キャピラリ電極を用い、レーザーマイクロダイセクション(LCM)用のキャップを使用して回収した。また15細胞(約40-50pg)を元にしてoligo(dT)-T7法(Eberwine法)による増幅を3回繰り返すことで、10^6〜10^7倍の増幅が可能であり、この増幅により約100μg以上のRNAが得られた。これはアレイ作成に十分な量であると判断された。またこの増幅産物の質を調べるためにマイクロアレイ解析を3回独立して行ったところ、発現シグナルの相関係数は0.9以上の値を示し、同様の遺伝子が増幅されていることが判った。胃の粘膜層や筋層については、LCMによる単離と通常のRNA増幅が可能であった。以上の結果から、本シングルセルRNA増幅法を使用すれば、シングルセルRNAアレイの実現は十分に可能であると判断された。
期刊论文(11)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
A cluster of aromatic amino acids in the i2 loop plays a key role for Gs coupling in prostaglandin EP2 and EP3 receptors
i2 环中的一簇芳香族氨基酸在前列腺素 EP2 和 EP3 受体中的 Gs 偶联中发挥关键作用
DOI： --
发表时间： 2004
期刊： J.Biol.Chem. 279
影响因子： --
作者： [Sugimoto, S., Nakato, T., Kita, A., Tabara, H., Tanaka, S., Ichikawa, A.]
通讯作者： A.
Sensitization of TRPV1 by EP1 and IP reveals peripheral nociceptive mechanism of prostaglandins
DOI： 10.1186/1744-8069-1-3
发表时间： 2005-01-17
期刊： MOLECULAR PAIN
影响因子： 3.3
作者： [Moriyama, Tomoko, Higashi, Tomohiro, Tominaga, Makoto]
通讯作者： Tominaga, Makoto
Microarray evaluation of EP4 receptor-mediated prostaglandin E2 suppression of 3T3-L1 adipocyte differentiation.
DOI： 10.1016/j.bbrc.2004.07.194
发表时间： 2004-09
期刊： Biochemical and biophysical research communications
影响因子： 3.1
作者： [Y. Sugimoto;Hiroaki Tsuboi;Y. Okuno;Shigero Tamba;Soken Tsuchiya;G. Tsujimoto;A. Ichikawa]
通讯作者： Y. Sugimoto;Hiroaki Tsuboi;Y. Okuno;Shigero Tamba;Soken Tsuchiya;G. Tsujimoto;A. Ichikawa
Free fatty acids regulate gut incretin glucagon-like peptide-1 secretion through CPR120.
游离脂肪酸通过 CPR120 调节肠道肠促胰素胰高血糖素样肽-1 的分泌。
DOI： --
发表时间： 2005
期刊： Nature Med. 11
影响因子： --
作者： [Hirasawa A., Tsumaya K., et al.]
通讯作者： et al.
共 6 条
    脂質受容体のリガンド結合-二量体化-シグナル変換の包括的理解と創薬展開
    • 批准号：
      24K02186
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额：
      $11.81万
    • 财政年份：
      2024
    • 负责人：
      杉本 幸彦
    • 依托单位：
      Kumamoto University
    ω3で代替できないω6脂肪酸の中枢機能と生理的意義の解明
    • 批准号：
      23K18189
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额：
      $4.16万
    • 财政年份：
      2023
    • 负责人：
      杉本 幸彦
    • 依托单位：
      Kumamoto University
    構造生物学に基づく脂質受容体のリガンド-二量体-活性化変換の解明と医薬応用
    • 批准号：
      21H02633
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额：
      $11.23万
    • 财政年份：
      2021
    • 负责人：
      杉本 幸彦
    • 依托单位：
      Kumamoto University
    プロスタノイドによる中枢シナプスネットワーク調節
    海外基金