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ペプチドライブラリーを用いたMHC-ペプチド複合体の相補的安定化要因の解析

使用肽库分析 MHC-肽复合物的互补稳定因子

基本信息

批准号：
07280212
负责人：
宇高恵子
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1995
资助国家：
日本
起止时间：
1995 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07280212/
关键词：
MHC ペプチドライブラリータンパク構造安定性

项目摘要

8アミノ酸長、9アミノ酸長のペプチドライブラリーを合成し、MHCのペプチド結合部位のアミノ酸選択度を判定量化した。ライブラリーの基本デザインは各々のアミノ酸位をひとつのアミノ酸で固定し、その他の部分には19アミノ酸等モルに代表された混合物(Xと表記する。例えばXXXGXXXX)を用いることにより、近傍のアミノ酸による効果を平均化させたものである。このライブラリーの結合度をすべての位置をランダム化させたXXXXXXXXと比較することにより固定したアミノ酸のMHCへの結合、構造の安定化に対する貢献度を単離した。貢献度はMHC-ペプチド複合体の熱安定性を50%達成させるペプチドの濃度で表した。この値はMHC-ペプチドの会合に要するGibb'sの自由エネルギーに相関すると考えられる。8-アミノ酸長のデータは論文に発表した。次に各アミノ酸の貢献度を加算的に扱い、任意のペプチド配列につき、結合度を予想させるプログラムを作成し、データベースに登録されたタンパク質中に存在するペプチドのMHC安定化能を予想させた。この方法ではなぜか主要アンカー位の評価がやや低く見積もられる傾向があるが、既知の主要アンカーの情報と組み合わせると、平均300アミノ酸長程度のタンパク質において自然な抗原プロセシングを経てMHCに結合していることが知られているペプチドのほとんどは結合能の高い上位5位に含まれていた。このことは、MHC-の構造の安定化にペプチドのアミノ酸側鎖から供給される結合エネルギーがある程度独立して貢献することを示している。一方、非加算的要素も含まれることを示すデータも得られた。

8. Determination and quantification of acid length, 9. Determination and quantification of acid length and MHC binding site The basic structure of the film is represented by a mixture of the following components: (X) acid position,(X) acid position, and (X) acid position. For example, XXXGXXXX) is used in the middle of the game, near the game, and the result is averaged. The degree of association of these molecules is determined by the position of the molecules, the degree of association of the molecules, the degree of contribution of the molecules to the stability of the molecules. The contribution to the thermal stability of the MHC-1 complex is 50% achieved at the concentration of the MHC-1 complex The MHC is the most important factor in Gibb's freedom of expression. 8- The second is the calculation of the contribution of each acid, the selection of any species, the combination of species, the preparation of species, the registration of species, the existence of species, and the MHC stabilization. This method is based on the evaluation of the main types of proteins and the tendency to combine them with each other. The main types of proteins are known to be composed of proteins and proteins. The average length of proteins and proteins is 300. The natural antigens are composed of proteins and proteins. The stability of MHC-1 structure is determined by the degree of independence of the reaction mechanism. A square, non-additive element is included.