造血器腫瘍における染色体欠失領域の網羅的解析

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造血器腫瘍にはその発症病態に関与すると考えられる様々な染色体異常が知られているが、転座を除く異常、すなわち染色体の増幅・欠失に関しては未だにその標的となる遺伝子異常の同定が遅れている。本研究の目的は、造血器腫瘍に生ずる染色体欠失をアレイCGHの技術を用いて網羅的に同定することである。この目的のために、本年度はCGHマイクロアレイの条件検討ならびにアレイ化に用いる大量のプローブDNAの調製を行った。(1)CGHの条件検討高い信頼性をもって1アレルの欠失を同定するためのCGHの種々の実験条件の検討を行い、以下の至適条件を決定した。(1)DNA:超音波処理による断片化を施したBAC/PACDNA、(2)DNA濃度2.0g/1以上、(3)Spotting 溶液:3xSSC/1.5MTrimethylglycine 溶液、(4)スライド:Corning GAPS aminosilan-corted slide、(5)Blocking : NPM法、(6)Labelling : post labelによるNick translation、(7)making : 80μg/2μgprobe、(8)Hybridization : 2xSSC,10%dextran,50%formamide、(9)Scanner : Affimetrix428Scanner。(2)プローブDNAの調製リンパ系腫瘍で最も効率に欠失が認められる6q15-23領域については、コンティグを形成する1250個のPAC/BAC DNAをアルカリリシス法で大量調製を終了した。その他の領域については、FISHで染色体マッピングの確認された約3400個のBAC DNAをsmall scaleで調製し、1.5〜2kbに断片化したのち、adator PCRにより増幅して調製を行う方法を確立し、現在調製中である。次年度以降、腫瘍検体DNAを用いたCGH解析を行う予定である。