造血器腫瘍における染色体欠失領域の網羅的解析

造血系统肿瘤染色体缺失区域综合分析

• 批准号: 14013018
• 负责人: 小川 誠司
• 金额: $ 3.2万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14013018/
• 关键词: 造血器腫瘍; 染色体欠失; アレイCGH; BAC; 6q

造血器腫瘍にはその発症病態に関与すると考えられる様々な染色体異常が知られているが、転座を除く異常、すなわち染色体の増幅・欠失に関しては未だにその標的となる遺伝子異常の同定が遅れている。本研究の目的は、造血器腫瘍に生ずる染色体欠失をアレイCGHの技術を用いて網羅的に同定することである。この目的のために、本年度はCGHマイクロアレイの条件検討ならびにアレイ化に用いる大量のプローブDNAの調製を行った。(1)CGHの条件検討高い信頼性をもって1アレルの欠失を同定するためのCGHの種々の実験条件の検討を行い、以下の至適条件を決定した。(1)DNA:超音波処理による断片化を施したBAC/PACDNA、(2)DNA濃度2.0g/1以上、(3)Spotting 溶液:3xSSC/1.5MTrimethylglycine 溶液、(4)スライド:Corning GAPS aminosilan-corted slide、(5)Blocking : NPM法、(6)Labelling : post labelによるNick translation、(7)making : 80μg/2μgprobe、(8)Hybridization : 2xSSC,10%dextran,50%formamide、(9)Scanner : Affimetrix428Scanner。(2)プローブDNAの調製リンパ系腫瘍で最も効率に欠失が認められる6q15-23領域については、コンティグを形成する1250個のPAC/BAC DNAをアルカリリシス法で大量調製を終了した。その他の領域については、FISHで染色体マッピングの確認された約3400個のBAC DNAをsmall scaleで調製し、1.5〜2kbに断片化したのち、adator PCRにより増幅して調製を行う方法を確立し、現在調製中である。次年度以降、腫瘍検体DNAを用いたCGH解析を行う予定である。

Hematopoietic tumors are related to the development of pathologies, such as chromosome abnormalities, chromosome abnormalities, chromosome amplification, chromosome deletion, and chromosome abnormalities. The aim of this study was to identify the chromosomal abnormalities in hematopoietic tissue by using CGH. For this purpose, this year, a large number of CGH DNA modulation projects were carried out. (1) The CGH conditions are discussed in high confidence, and the following conditions are determined. (1)DNA: ultrasonic fragmentation,(2)DNA concentration above 2.0g/1,(3)Spotting solution:3xSSC/1.5M Trimethylglycine solution,(4) Sample:Corning GAPS aminosilan-corded slide,(5)Blocking : NPM method,(6)Labelling : post label Nick translation,(7)making : 80μg/2μ g probe,(8)Hybridization : 2xSSC, 10%dextran,50%formatamide,(9)Scanner : Affitrix 428Scanner. (2)1250 PAC/BAC DNA fragments were formed in the 6q15 -23 domain with the highest efficiency. In other areas, FISH was used to identify about 3400 BAC DNA fragments on a small scale, 1.5 ~ 2kb, and adator PCR was used to amplify and modulate DNA. CGH analysis for the next year

项目成果

Saito A, Ogawa S, et al.: "Establishment of a quantitative method for detecting mixed chimerism using fluorescence-based PCR amplification of short tandem repeat markers after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in a Japanese population"Jap

Saito A、Okawa S 等人：“在日本人群中进行同种异体造血干细胞移植后，使用基于荧光的 PCR 扩增短串联重复标记物来检测混合嵌合现象的定量方法”

Hangaishi A, Ogawa S, et al.: "Mutations of Chk2 in primary hematopoietic neoplasms"Blood. 99. 3075-3077 (2002)

Hangaishi A、Okawa S 等人：“原发性造血肿瘤中 Chk2 的突变”血液。

Oiao Y, Ogawa S, et al.: "Identification of a Novel Fusion Gene, TTL, Fused to ETV6 in Acute Lymphoblastic Leukemia with t(12;13)(p13;q14), And Its Implication in Leukemogenesis"Leukemia. (in press). (2003)

Oiao Y、Okawa S 等人：“在具有 t(12;13)(p13;q14) 的急性淋巴细胞白血病中与 ETV6 融合的新型融合基因 TTL 的鉴定及其在白血病发生中的意义”白血病。

Ogawa S, Hangaishi A, Hirai, H: "Identification of candidate tumor suppressor genes from critical deletions of long arm of chromosome 6 in hematopoietic neoplasm."International Congress Series. 1246. 251-260 (2002)

Okawa S、Hangaishi A、Hirai、H：“从造血肿瘤中 6 号染色体长臂的关键缺失中鉴定候选肿瘤抑制基因。”国际大会系列。

Suzuki T, Nakamoto T, Ogawa S, et al.: "MICAL, a novel CasL interacting molecule, associates with vimentin"Journal of Biological Chemistry. 277. 14933-14941 (2002)

Suzuki T、Nakamoto T、Okawa S 等人：“MICAL，一种新型 CasL 相互作用分子，与波形蛋白结合”《生物化学杂志》。