ゲノムアレイCGHを用いた造血器腫瘍における染色体欠失・増幅領域の網羅的解析

使用基因组阵列 CGH 综合分析造血系统肿瘤中的染色体缺失和扩增区域

• 批准号: 15012212
• 负责人: 小川 誠司
• 金额: $ 4.29万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15012212/
• 关键词: アレイCGH; 造血器腫瘍; 染色体; ゲノム; 欠損; 増幅

造血器腫瘍の発症に関与する染色体異常のうち、転座型の染色体異常については、その転座切断点の解析から白血病やリンパ腫の発症に関与する多数の遺伝子が同定され、腫瘍の発症における機能的意義が検討されてきた。しかし、del(5q),del(q6),del(7q),del(9q),del(12p)等、造血器腫瘍に同様にしばしば観察され、また腫瘍の予後とも強い相関を示す欠失型の染色体異常における責任遺伝子に関しては、ほとんど解明されていない。本研究の目的は、近年開発されたアレイCGH技術を用いて、これら欠失型の遺伝子異常を中心としたゲノム異常を網羅的かつ詳細に検討することにより、造血器腫瘍の新たな責任遺伝子の同定を行うことである。アレイCGHにおいては、標的となる多数のプローブDNAを安定した品質で調整することが極めて重要である。数千個のPAC/BAC DNAから、十分量のDNAを大量調整するためには、PCRによる増幅が不可欠であるが、我々は複数のdegenerated primerを用いたDOP-PCR法により、十分なcomplexityを有するプローブDNAを増幅する方法を確立した。続いて、同増幅法を用いて約3600個のPAC/BACクローンを搭載することによりヒト全ゲノムを〜1Mの解像度で解析可能なHuman 1Mアレイを作成し、これを用いて10例の造血器腫瘍細胞株および造血器腫瘍患者検体の解析を行った。作成したアレイCGHの性能評価では、染色体分析により検出される大きな欠失・増幅のみならず、〜10Mb程度の比較的狭い領域の欠失や増幅に関しても再現性よく検出することが可能であった。また、複数の腫瘍検体に共通して増幅・欠失を認める領域も同定されており、今後多数の腫瘍検体の解析を行い、高頻度に欠失・増幅を示す最小のゲノム領域を同定することにより、造血器腫瘍の新規標的遺伝子の同定を目指す。さらに、搭載クローン数を32000個まで増やすことにより、全ゲノムを間断なく評価可能なアレイの作成を目指す。

Chromosome abnormalities related to the development of hematopoietic tumors, chromosome abnormalities related to the locus type, chromosome abnormalities related to the locus cut point analysis, leukemia related to the development of hematopoietic tumors, most of the genes related to the same function, tumor development significance is discussed. For example, del (5q), del (7q), del (9q), del (12p), etc., in hematopoietic tumors, the same sequence is observed, and the same sequence is observed. The purpose of this study is to explore the application of CGH technology in recent years, and to explore the identification of new responsible genes for hematopoietic tumors. Most of the DNA samples are stable and quality adjusted. A method of DNA amplification using the DOP-PCR method was established. About 3600 PAC/BAC samples were loaded into the system using the same amplitude method, and all samples were analyzed at~1 M resolution. Human 1 M samples were generated and analyzed using the same amplitude method. The performance evaluation of CGH was made on the basis of chromosome analysis. The results showed that there was a large amount of missing amplitude in chromosome analysis and a small amount of missing amplitude in chromosome analysis. The results showed that there was a possibility of missing amplitude in chromosome analysis. In addition, multiple tumor models are commonly used, with high frequency of under-recognition, increasing amplitude, and minimum tumor model identification. In addition, the identification of new target genes for hematopoietic tumors is indicated. In addition, the number of on-board computers will increase to 32000, making it possible to make changes without interrupting the entire system.

项目成果

Wang L, Ogawa S, et al.: "Molecular characterization of the recurrent unbalanced translocation der(1;7)(q10;p10)."Blood. 102. 2579-2604 (2003)

Wang L、Okawa S 等人：“复发性不平衡易位 der(1;7)(q10;p10) 的分子特征。”血液。

Hosoya N, Ogawa S, et al.: "Molecular cytogenetic analyses of HIG, a novel human cell line carrying t(1;3)(p36.3;q25.3) established from a patient with chronic myelogenous leukemia in blastic crisis."Int J Hematol. 78. 432-438 (2003)

Hosoya N、Okawa S 等人：“HIG 的分子细胞遗传学分析，HIG 是一种携带 t(1;3)(p36.3;q25.3) 的新型人类细胞系，由患有急变期慢性粒细胞白血病的患者建立。

Ichikawa M, Ogawa S, et al.: "AML-1 is required for megakaryocytic maturation and lymphocytic differentiation, but not for maintenance of hematopoietic stem cells in adult hematopoiesis."Nature Medicine. 10. 299-304 (2004)

Ichikawa M、Okawa S 等人：“AML-1 是巨核细胞成熟和淋巴细胞分化所必需的，但不是成人造血过程中造血干细胞维持所必需的。”《自然·医学》。

Qiao Y, Ogawa S, et al.: "Identification of a novel fusion gene, TTL, fused to ETV6 in acute lymphoblastic leukemia with t(12;13)(p13;q14), and its implication in leukemogenesis."Leukemia. 17. 1112-1120 (2003)

Qiao Y、Okawa S 等人：“在具有 t(12;13)(p13;q14) 的急性淋巴细胞白血病中鉴定出与 ETV6 融合的新型融合基因 TTL，及其在白血病发生中的意义。”白血病。

Kawazu M, Ogawa S, et al.: "A prospective comparison of diagnostic potentials of the real-time PCR, double sandwich ELISA for galactomannan, and (1→3)-b-D-glucan test in weekly screening for invasive aspergillosis in patients with hematological disorders.

Kawazu M、Okawa S 等人：“实时 PCR、半乳甘露聚糖双夹心 ELISA 和 (1→3)-b-D-葡聚糖测试在每周筛查侵袭性曲霉病患者中的诊断潜力的前瞻性比较血液系统疾病。