权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

三次構造からタンパク質の構造変化を予測するための理論の確立

建立从三级结构预测蛋白质结构变化的理论

基本信息

批准号：
16014201
负责人：
伊藤悦朗
金额：
$ 3.26万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

アゴニストの結合によって引き起こされるグルタミン酸受容体タンパク質での振動励起エネルギーが,再配分して行く過程が存在することは既にわかっている.そこで,リガンド結合部位のArg485側鎖から,振動エネルギーの移動経路を主成分分析法によって明らかにすることを試みた.この解析法を用いることにより,受容体が最も大きくゆらぐ方向を明らかにすることが示され始めた.受容体のある特定の振動モード(GluR2ではArg485側鎖の変角振動)にエネルギーを与えると,受容体はそのエネルギーを機能部位に移動させて構造変化を起こすことがわかった.それ以外の場所にエネルギーを与えても,散逸するだけで生物学的な意義はないようであった.次に,グルタミン酸受容体のリガンド結合部位であるArg485を振動励起させた場合と振動励起させない場合のシミュレーション結果を比較した.振動エネルギーによるリガンド結合領域の構造変化が現在明らかになりつつある.さらには,Arg485の振動励起エネルギーの移動による膜貫通領域の構造変化の考察を試みた.リガンド結合領域は,膜貫通領域と3本のリンカーペプチドで連結されている.GluR2リガンド結合領域の結晶構造は,リンカーペプチドのアミノ酸残基を含んでいる.そこでシミュレーション中のリンカーペプチドの動きに着目し,リンカーペプチドの動きが膜貫通領域をどれくらい変位させる力を生むのかを,膜貫通領域をシリンダーでモデル化した.特に,Kチャネルの膜内構造との比較を重視し,これとの相同点・相違点について現在考察しているところである.

The process of recombination and redistribution of the acid receptor from the mass to the vibrational excitation of the acid receptor exists. The Arg485 side lock of the binding site of the free radical was detected by principal component analysis (PCA). The analysis method is used to determine the maximum direction of the receiver. Specific vibration of the receiver (angular vibration of GluR2 Arg485 side lock) is caused by movement of the receiver's functional parts. The biological significance of radiation in the environment. Next, the results were compared between the results of vibration excitation and the results of vibration excitation in the case of Arg485 in the binding site of the acid receptor. The structure of the combined field is changed to make it clear that the vibration is occurring. In this paper, the vibration excitation of Arg485 was studied. The crystalline structure of the binding domain contains acid residues. In this case, the membrane penetration field is divided into two parts: the membrane penetration field and the membrane penetration field. In particular, the intramembranous structure of K-cell has been paid more attention to, and the same points and opposite points have been investigated.