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三次構造からタンパク質の構造変化を予測するための理論の確立

三次構造からタンパク質の構造変化を予測するための理論の確立
建立从三级结构预测蛋白质结构变化的理论
批准号：
16014201
负责人：
伊藤 悦朗
金额：
$3.26万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2004 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014201/
关键词：
グルタミン酸受容体振動励起分子認識機構受容体活性化機構膜内構造

项目摘要

项目成果

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アゴニストの結合によって引き起こされるグルタミン酸受容体タンパク質での振動励起エネルギーが,再配分して行く過程が存在することは既にわかっている.そこで,リガンド結合部位のArg485側鎖から,振動エネルギーの移動経路を主成分分析法によって明らかにすることを試みた.この解析法を用いることにより,受容体が最も大きくゆらぐ方向を明らかにすることが示され始めた.受容体のある特定の振動モード(GluR2ではArg485側鎖の変角振動)にエネルギーを与えると,受容体はそのエネルギーを機能部位に移動させて構造変化を起こすことがわかった.それ以外の場所にエネルギーを与えても,散逸するだけで生物学的な意義はないようであった.次に,グルタミン酸受容体のリガンド結合部位であるArg485を振動励起させた場合と振動励起させない場合のシミュレーション結果を比較した.振動エネルギーによるリガンド結合領域の構造変化が現在明らかになりつつある.さらには,Arg485の振動励起エネルギーの移動による膜貫通領域の構造変化の考察を試みた.リガンド結合領域は,膜貫通領域と3本のリンカーペプチドで連結されている.GluR2リガンド結合領域の結晶構造は,リンカーペプチドのアミノ酸残基を含んでいる.そこでシミュレーション中のリンカーペプチドの動きに着目し,リンカーペプチドの動きが膜貫通領域をどれくらい変位させる力を生むのかを,膜貫通領域をシリンダーでモデル化した.特に,Kチャネルの膜内構造との比較を重視し,これとの相同点・相違点について現在考察しているところである.
期刊论文(4)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Structural dynamics of an ionotropic glutamate receptor
离子型谷氨酸受体的结构动力学
DOI： --
发表时间： 2004
期刊： Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics 56
影响因子： --
作者： [M.Kubo, E.Ito]
通讯作者： E.Ito
Theoretical study of molecular recognition and activation mechanism of the glutamate receptor
谷氨酸受体分子识别与激活机制的理论研究
DOI： --
发表时间： 2005
期刊： Information (印刷中)
影响因子： --
作者： [K.Odai, M.Kubo, E.Shiomitsu, T.Sugimoto, E.Ito]
通讯作者： E.Ito
ダウン症候群に伴う急性巨核芽球性白血病発症の分子機構の解明と分子標的療法の開発
  • 批准号：
    23K21429
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $2.41万
  • 财政年份：
    2024
  • 负责人：
    伊藤 悦朗
  • 依托单位：
    Hirosaki University
ダウン症候群に伴う骨髄性白血病の分子機構の解明と分子標的療法の開発
  • 批准号：
    24K02413
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.81万
  • 财政年份：
    2024
  • 负责人：
    伊藤 悦朗
  • 依托单位：
    Hirosaki University
Clarification of the mechanism of multistep leukemogenesis of acute megakaryoblastic leukemia associated with Down syndrome and development of the molecular targeted therapy
  • 批准号：
    21H02877
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.07万
  • 财政年份：
    2021
  • 负责人：
    伊藤 悦朗
  • 依托单位：
    Hirosaki University
タンパク質の超高感度定量法の開発とその定量から理解する動物行動の変容
  • 批准号：
    21657022
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
  • 资助金额：
    $1.98万
  • 财政年份：
    2009
  • 负责人：
    伊藤 悦朗
  • 依托单位：
    Tokushima Bunri University
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