In vitro und in vivo genetische Analyse der fdhF mRNA-Bindungsstellen des Elongationsfaktors SelB durch in vitro Selektion

通过体外选择对延伸因子 SelB 的 fdhF mRNA 结合位点进行体外和体内遗传分析

基本信息

项目摘要

Der Elongationsfaktor SelB aus E.coli unterstützt den Einbau von Selenocystein in Selenoproteine. Bei Formatdehydrogenase H geschieht dies durch simultane Bindung an Selenocysteyl-tRNASec und ein fdhF-mRNA-Haarnadelmotiv am 3'-Ende des UGA Selenocysteincodons. Die genaue Funktion dieses mRNA-Motivs ist unbekannt. Durch in vitro Selektion isolierten wir eine große Zahl von RNA-Varianten des fdhF-RNA-Motivs, die in vitro spezifisch an SelB binden. Vier dieser RNAs wurden in einem LacZ-Fusionskonstrukt auf UGA-Durchleseaktivität in vivo untersucht. Ein Aptamer konnte die Funktion der fdHF-RNA in vivo übernehmen, die anderen drei nicht, was Rückschlüsse über mögliche Funktionen dieses RNA-Motivs erlaubte. Ziel des Verlängerungsantrags ist es, aus den selektierten SelB-Aptameren diejenigen zu identifizieren, die UGA-Durchleseaktivität in vivo aufweisen. Dies soll durch Shotgun-Klonierung in das Reporterplasmid und Identifizierung der positiven Klone erfolgen. Diese werden dann sequenziert und entsprechend ihrer Aktivität aufgelistet. Die so erhaltene "künstliche Phylogenie" der in vivo aktiven Sequenzen soll Aussagen zu Struktur/Funktionsbeziehungen des fdHF-mRNA-Motivs ermöglichen. Durch Selektion mit einer komplett randomisierten RNA-Bibliothek sollen weitere SelB-Interaktoren identifiziert werden. Detaillierte Strukturuntersuchungen der Aptamere sind ebenfalls geplant.
硒蛋白中SelB与E.coli unterst<s:1> - tzt和Einbau von硒半胱氨酸的伸长因子。氢化脱氢酶H geschieht可同时结合硒半胱氨酸- trnasec和fdhf - mrna - haarnadelmotive和3'-Ende des UGA硒半胱氨酸密码子。基因功能与mrna -动机的关系。在体外选择分离物,分别用fdhf - rna - momos、Zahl - von RNA-Varianten、fdhf - rna - momos和SelB结合。在体内不受影响的情况下,在einem lacz - fusskonstrak中发现了更多的rna。in Aptamer konnte die funkfunction der fdHF-RNA in vivo <e:1> bernehmen, die anderen drei nicht,是r<s:1> ckschlsse <e:1> ber mögliche Funktionen dieses RNA-Motivs erlaute。Ziel des Verlängerungsantrags ist es, aus den selektierten SelB-Aptameren diejenigen zu identifizien, die UGA-Durchleseaktivität在体内aufweisen。研究人员在报告质粒中鉴定了克隆基因阳性的霰弹枪-克隆基因。disese werden dann sequenziert and entsprechend ihrer Aktivität aufgelistet。Die so erhaltene " kstliche Phylogenie" der in vivo aktiven sequenen soll Aussagen zu Struktur/ funcktionsbeziehungen des fdHF-mRNA-Motivs ermöglichen。Durch selection是一种完全随机筛选RNA-Bibliothek的方法,也是一种完全随机筛选rna - interaktoren的方法。detail - lierte struckturuntersuchungen der Aptamere和benfalls plant。

项目成果

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