课题基金 / 基金详情

RNAの高速構造変化と機能の関係

RNAの高速構造変化と機能の関係
RNA快速结构变化与功能的关系
批准号：
03242212
负责人：
杉本 直己
金额：
$1.66万
依托单位：
Konan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1991
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1991 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-03242212/
关键词：
核酸RNAリボザイム構造予測高速反応最近接塩基対モデル三重らせんアンチセンス核酸

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
本研究では、最近接塩基対モデル(Nearest Neighbor Model)を基に、核酸構造に関与する相互作用として水素結合とスタツキングを考慮して、ワトソン・クリック型RNA塩基対の安定化エネルギ-△G°を実験的に決定した。さらに、ワトソン・クリック型RNA塩基対からなるオリゴヌクレオチド二重らせんの△G°及びエネルギ-・パラメ-タの値から、リボザイム(機能性及び触媒性RNA)の最安定化構造のエネルギ-を算出した。例として、テトラヒメナ・リボザイムの二次構造についての成果を報告する。テトラヒメナ・リボザイムにおいては、ステムの鎖長と安定性の関係について、鎖長が延びれば安定性が増加するという一般的傾向が認められたが、この鎖長と安定性の関係は必ずしも成功するとは限らなかった。例えば、このリボザイムのP9.1とP9.2のステムは両方とも7個の塩基対をもつが、その安定化エネルギ-は前者が後者よりも5.3Rcal mol^<-1>も大きく、安定性に大きな差がある。P9.1aとP9.2aのステムに至っては、鎖長と安定性の関係が逆転した。このように、ステムの安定性を検討する上で従来から考えられていた鎖長との関係のみならず、塩基配列との関係も重要であることが明らかとなった。また、ステム以外の部位については、P5CとP9.1aなどのステムで閉じられているヘアピン・ル-プにはUGCAの同じ配列があり、両ステムの融解に伴いこの配列の三次元的相互作用の可能性が生じる。さらにこのことは、リボザイムが最適な(反応において)高次構造をとることに関連しており、反応点以外にも重要な部位が本研究によって示唆された。
英文摘要
本研究では、最近接塩基対モデル(Nearest Neighbor Model)を基に、核酸構造に関与する相互作用として水素結合とスタツキングを考慮して、ワトソン・クリック型RNA塩基対の安定化エネルギ-△G°を実験的に決定した。さらに、ワトソン・クリック型RNA塩基対からなるオリゴヌクレオチド二重らせんの△G°及びエネルギ-・パラメ-タの値から、リボザイム(機能性及び触媒性RNA)の最安定化構造のエネルギ-を算出した。例として、テトラヒメナ・リボザイムの二次構造についての成果を報告する。テトラヒメナ・リボザイムにおいては、ステムの鎖長と安定性の関係について、鎖長が延びれば安定性が増加するという一般的傾向が認められたが、この鎖長と安定性の関係は必ずしも成功するとは限らなかった。例えば、このリボザイムのP9.1とP9.2のステムは両方とも7個の塩基対をもつが、その安定化エネルギ-は前者が後者よりも5.3Rcal mol^<-1>も大きく、安定性に大きな差がある。P9.1aとP9.2aのステムに至っては、鎖長と安定性の関係が逆転した。このように、ステムの安定性を検討する上で従来から考えられていた鎖長との関係のみならず、塩基配列との関係も重要であることが明らかとなった。また、ステム以外の部位については、P5CとP9.1aなどのステムで閉じられているヘアピン・ル-プにはUGCAの同じ配列があり、両ステムの融解に伴いこの配列の三次元的相互作用の可能性が生じる。さらにこのことは、リボザイムが最適な(反応において)高次構造をとることに関連しており、反応点以外にも重要な部位が本研究によって示唆された。
期刊论文(12)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Naoki Sugimoto: "Effect of dangling ends on the double‐helix melting of ribooligonucleotide at different Na^+ concentrations" Chemistry Letters. 1991. 1292-1294 (1991)
Naoki Sugimoto：“不同 Na^+ 浓度下悬空末端对核糖寡核苷酸双螺旋熔解的影响”《化学快报》1991 年。1292-1294 (1991)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Stabilization energy of the catalytic of the Tatrahymena ribozyme" Chemistry Letters. 1991. 345-348 (1991)
Naoki Sugimoto：“太膜虫核酶催化的稳定能”化学快报。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Double‐helix melting of octamers of deoxyriboadenylic and deoxyribothymidylic acids in the presence of ethidium" Chemistry Letters. 1991. 9-12 (1991)
Naoki Sugimoto：“在乙锭存在下脱氧核糖腺苷酸和脱氧核糖胸苷酸八聚体的双螺旋熔化”化学快报 1991. 9-12 (1991)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Effect of dangling ends of substrate oligonucleotides on the RNA ligase reaction" Bulletin of the Chemical Society of Japan. 64. 2978-2982 (1991)
Naoki Sugimoto：“底物寡核苷酸悬空末端对 RNA 连接酶反应的影响”日本化学会通报。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 6 条
    Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells
    • 批准号：
      22H04975
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
    • 资助金额：
      $126.3万
    • 财政年份：
      2022
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Quantitative analysis of rRNA foding triggered by specific molecular crowding in nucleolus
    • 批准号：
      19F19337
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.41万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Analysis and regulation of non-canonical nucleic acids under intracellular conditions
    • 批准号：
      18KK0164
    • 项目类别：
      Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
    • 资助金额：
      $11.4万
    • 财政年份：
      2018
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Development of tunable aptamers derived from natural riboswitches for making genetic control devices
    • 批准号：
      15F15345
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.47万
    • 财政年份：
      2015
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    国内基金
    海外基金
    免标记CRISPR-RNA适配体与门逻辑分子诊断新方法研究
    • 批准号：
      2026JJ50010
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
      应站明
    • 依托单位：
      湘潭大学
    RNA m6A修饰通过调控FDX1介导的铜死亡参与补阳还五汤抗脑缺血再灌注损伤作用机制的研究
    • 批准号：
      2026JJ81091
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
      刘亮
    • 依托单位：
      宁乡市人民医院
    基于合成生物标志物的超多重RNA数字化检测平台用于肿瘤精准诊断和分期评估
    • 批准号：
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
      程子译
    • 依托单位：
      海南医科大学
    Dead-box解旋酶DDX23通过调控RNA高级结构促进肝癌细胞恶性生物学行为的分子机制研究
    • 批准号：
      JCZRLH202600588
    • 项目类别：
      省市级项目
    • 资助金额：
      --
    • 批准年份：
      2026
    • 负责人：
    • 依托单位：
      湖北医药学院