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フォールディング開始直後のタンパク質立体構造の解明

折叠开始后立即阐明蛋白质 3D 结构

基本信息

批准号：
16041215
负责人：
水口峰之
金额：
$ 4.16万
依托单位：
University of Toyama (2005)Toyama Medical and Pharmaceutical University (2004)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

水中におけるタンパク質フォールディングを理解するためには、天然構造のみならず、タンパク質の変性状態や中間状態について調べることが重要である。本研究では、超好熱菌Pyrococcus furiosusl由来Pyrrolidone carboxy peptidase (PCP)のCysフリー変異体(Cys142/188SerPCP, PCP-0SH)についてフォールディング開始直後に形成される中間体構造について研究した。本年度は以下の研究成果を得た。1.PCP-0SHの中間体構造のプロリンスキャニングAヘリックスからFヘリックスまで、天然構造でヘリックス内に位置するアミノ酸残基をプロリンに変異させたPro変異体を15種類作製し、Pro変異による中間体の二次構造含量の変化をCDスペクトルで測定した。その結果、A,B,C,D,Fヘリックスの位置で二次構造が存在していること、さらに、EヘリックスのC末端側では二次構造が形成されていないこともわかった。また、ルーズにパッキングした疎水性コアの形成と二次構造の関係について研究した。中間体構造における疎水性コアの形成には、DヘリックスとFヘリックスの形成が特に重要であることがわかった。2.PCP-0SH中間体構造のNMR解析17種類のアミノ酸選択的ラベルと^2H/^<13>C/^<15>Nラベル体の3次元NMRスペクトルを組み合わせることで、中間体のNMRシグナルの帰属に成功した。解析の結果、PCP-0SHの中間体構造において、C末端半分はミリ秒〜マイクロ秒の時間スケールで運動していることが示された。また、^1H-^<15>N異種核NOE測定から、中間体構造のN末端半分はピコ秒〜ナノ秒の時間スケールでの運動性が高く、特にN末端6残基とHis66-Ser74で激しく運動していることがわかった。これらの研究結果は、PCP-0SHの中間体構造はN末端半分とC末端半分で運動性が大きく異なることを示している。

Water quality control is important for understanding the nature of water and natural structures. In this study, the super-good bacterium Pyrococcus furiosus l was derived from Pyrolidone carboxyl peptidase (PCP) and its Cys FY variant (Cys142/188SerPCP, PCP-0SH), and began to study the formation of a complex intermediate structure. The following research results were obtained during the year. 1. Determination of the secondary structure content of PCP-0SH intermediate in 15 different kinds of preparation and in 15 different kinds of intermediate in natural structure. As a result, A,B,C,D,F are located in the middle of the second structure, and E is located in the middle of the second structure. A Study on the Relationship between the Formation and Secondary Structure of Water and Natural Resources The intermediate structure is especially important for the formation of water-soluble compounds. 2. NMR analysis of PCP-0SH intermediate structure of 17 kinds of acid selected from the group consisting of 2H/<13>C/N <15>3D NMR spectra of the intermediate was successfully carried out. Analysis results, PCP-0SH intermediate structure, C-terminal half-minute shift to second shift to second shift The <15>N-terminal half of the intermediate structure is highly mobile, especially the N-terminal 6 residue and His66-Ser74. The results show that the structure of PCP-0SH intermediate is different from that of N terminal half and C terminal half.

项目成果

期刊论文数量（14）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Crystallization and preliminary X-ray analysis of gene product 44 from bacteriophage Mu.

噬菌体 Mu 基因产物 44 的结晶和初步 X 射线分析。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Acta Crystallographica F61
影响因子：
0
作者：
Kondou;Y.;et al.
通讯作者：
et al.

Structure of the central hub of bacteriophage Mu baseplate determined by X-ray crystallography of gp44.

DOI：
10.1016/j.jmb.2005.07.044
发表时间：
2005-09
期刊：
Journal of molecular biology
影响因子：
5.6
作者：
Y. Kondou;D. Kitazawa;S. Takeda;Y. Tsuchiya;E. Yamashita;M. Mizuguchi;K. Kawano;T. Tsukihara
通讯作者：
Y. Kondou;D. Kitazawa;S. Takeda;Y. Tsuchiya;E. Yamashita;M. Mizuguchi;K. Kawano;T. Tsukihara

Solution structure of MAP-LC3 and identification of its functional subdomains.

MAP-LC3 的溶液结构及其功能子域的识别。