蛋白質表面における膜相互作用部位の決定方法とその応用

确定蛋白质表面膜相互作用位点的方法及其应用

• 批准号: 18689002
• 负责人: 水口 峰之
• 金额: $ 14.14万
• 依托单位: University of Toyama
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18689002/
• 关键词: タンパク質; 膜; 相互作用; NMR; 光CIDNP; MAP-LC3; GABARAP

本研究では、蛋白質と膜との間の弱い相互作用を検出する新しい手法を開発し、その手法を用いて細胞内の物質輸送蛋白質に応用し小胞輸送を分子レベルで解明する。オートファゴソームに結合するMAP-LC3とdodecylphosphocholine(DPC)ミセルの相互作用を光CIDNP法を用いて研究した。MAP-LC3とDPCが共存する系で脂溶性色素を用いて光CIDNP実験を行うと、His86のε1プロトン、His86のδ2プロトン、およびTyr38のε1,2プロトンの位置で光CIDNP効果が認められた。その他には、His57のε1のシグナルについても弱い光CIDNP信号が観測された。それに対して、DPCが存在しない系では、His57,His86,Tyr38の信号に加えて、His27のε1とHis57のδ2に由来する光CIDNPシグナルも観測された。これらの結果から、MAP-LC3はHis86とTyr38の近傍でDPCミセルに結合していると予想された。また、NMRによる立体構造解析の結果、これらの二つの残基は立体構造上隣接していることもわかった。さらに、DPC結合状態でのMAP-LCについてもNMRによる立体構造解析を行い、90%以上のNMRシグナルを帰属することができた。前年度に引き続き、MAP-LC3のホモログであるGABARAP蛋白質についてNMRシグナルの帰属を行い、従来の方法を用いて立体構造計算を行った。さらに、GABARAPとDPCの相互作用をHSQCによって追跡し、GABARAPのDPC結合表面を予測した。また、MAP-LC3と同様にGABARAPについても光CIDNP実験を行ったところ、N末端領域に位置するTyr残基の光CIDNPシグナルがMAP-LC3と異なっていた。

This study で は, protein と membrane と の weak い interaction between の を 検 out す る new し い gimmick を open 発 し, そ の gimmick を with い て の material transport proteins in cells に 応 with し vesicular transport を molecular レ ベ ル で interpret す る. オ ー ト フ ァ ゴ ソ ー ム に combining す る MAP - LC3 と dodecylphosphocholine (DPC) ミ セ ル の interaction を を CIDNP method using light い て research し た. Department of MAP - LC3 と DPC が coexistence す る で を fat-soluble pigments with い て light CIDNP be 験 を line う と, His86 の epsilon 1 プ ロ ト ン, His86 の delta 2 プ ロ ト ン, お よ び Tyr38 の epsilon 1, 2 プ ロ ト ン の position で light CIDNP unseen fruit が recognize め ら れ た. Youdaoplaceholder0 そ he に に, His57 <e:1> ε1 <e:1> シグナ に に された て て て が観 weak <s:1> light CIDNP signal が観 measurement された. そ れ に し seaborne て, DPC が し な い department で は, His57 His86, Tyr38 の signal に added え て, His27 の epsilon 1 と His57 の delta 2 に origin す る light CIDNP シ グ ナ ル も 観 measuring さ れ た. Results こ れ ら の か ら, MAP - LC3 は His86 と Tyr38 の nearly alongside で DPC ミ セ ル に combining し て い る と to think さ れ た. ま た, NMR に よ る three-dimensional structure analytical の results, こ れ ら の two つ の residues は 隣 pick on three-dimensional structure し て い る こ と も わ か っ た. さ ら に, DPC combined with state で の MAP - LC に つ い て も NMR に よ る three-dimensional structure parsing を い, more than 90% の NMR シ グ ナ ル を 帰 genus す る こ と が で き た. Before the annual に lead き 続 き, MAP - LC3 の ホ モ ロ グ で あ る GABARAP protein に つ い て NMR シ グ ナ ル の 帰 を rows を use い い, 従 to の method て three-dimensional structure calculation line を っ た. Youdaoplaceholder0, GABARAPとDPC <s:1> interaction をHSQCによって tracking, GABARAP <s:1> DPC bonding surface を premeasurement た. ま た, MAP - LC3 と with others に GABARAP に つ い て も light CIDNP be 験 を line っ た と こ ろ に position, N terminal field す る Tyr residues の light CIDNP シ グ ナ ル が MAP - LC3 と different な っ て い た.

项目成果

Structure of a novel insect peptide explains its Ca^<2+> channel blocking and antifungal activities.

一种新型昆虫肽的结构解释了其Ca^2通道阻断和抗真菌活性。

• 发表时间: 2007
• 期刊: Biochemistry 46
• 作者: Kouno;T.;et. al.
• 通讯作者: et. al.

Destabilization of transthyretin by pathogenic mutations in the DE loop.

DE 环中的致病性突变导致转甲状腺素蛋白不稳定。

• 发表时间: 2007
• 期刊: PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 66・3
• 作者: Takeuchi;M.;et al.
• 通讯作者: et al.

Biosensor recognition of thyroid-disrupting chemicals using transport proteins

• DOI: 10.1021/ac051399i
• 发表时间: 2006-02-15
• 期刊: ANALYTICAL CHEMISTRY
• 影响因子: 7.4
• 作者: Marchesini, GR;Meulenberg, E;Irth, H
• 通讯作者: Irth, H

Preparation and observation of fresh-frozen sections of the green fluorescent protein transgenic mouse head.

绿色荧光蛋白转基因小鼠头部鲜冻切片的制备及观察。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Acta Histochemica et Cytochemica 39・2
• 作者: Tada;T.;et al.
• 通讯作者: et al.

タキプレシンIのDPCおよびLPSとの相互作用解析

鲎素 I 与 DPC 和 LPS 的相互作用分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 杉田圭太郎;神谷昌克;大久保知行;上島達郎;島本怜史;多々見文恵;相沢智康;水口峰之;川端俊一郎;出村誠;河野敬一.
• 通讯作者: 河野敬一.