Analysis of sensor proteins which regulates mitochondrial dynamics in skeletal muscle

调节骨骼肌线粒体动力学的传感器蛋白分析

• 批准号: 21K19066
• 负责人: 清水 誠
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-07-09 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K19066/
• 关键词: ミトコンドリアダイナミクス; 骨格筋; ミトコンドリア; 老化; RNAiスクリーニング

本年度は、昨年度に構築したスクリーニング方法（蛍光タンパク質をレポーターとした新たな実験系）により、shRNAライブラリーを用いた筋ミトコンドリアダイナミクス調節因子の発現を制御する新たな発現制御因子の探索実験を行った。ミトコンドリアダイナミクス調節因子の遺伝子発現調節領域（プロモーター領域及びエンハンサー領域）のレポーターを恒常的に発現するヒト骨格筋細胞株を樹立し、shRNAライブラリーを発現させるレンチウイルスを感染させ、薬剤により感染した細胞のみを抽出した。これらの細胞をFACSを用いて蛍光強度（プロモーター、エンハンサーの活性）が増加、もしくは低下する細胞を選別した。これらの細胞よりゲノムDNAの抽出・精製を行った。今回用いたshRNAライブラリーは標的遺伝子のshRNA配列に加え、該当遺伝子に対応するバーコード配列が含まれている。shRNA部分のDNA配列解析は困難であることが多いため、バーコード配列を標的としたDNA配列を標的とした次世代シーケンサー解析を行った。配列依存的にPCR増幅効率が異なることが予想されたため、PCRのサイクル数を最低限（15サイクル前後）、かつ次世代シーケンサーで解析可能な十分なDNA量が得られるPCRの実験条件を慎重に最適化した。本サンプルを用いて、バーコード配列を標的とした次世代シーケンサーを用いた配列解析を行っい、候補遺伝子の選定を行った。

This year's annual に は, yesterday to construct し た ス ク リ ー ニ ン グ method (蛍 light タ ン パ ク qualitative を レ ポ ー タ ー と し た new た な be 験 department) に よ り, shRNA ラ イ ブ ラ リ ー を with い た reinforcement ミ ト コ ン ド リ ア ダ イ ナ ミ ク ス adjustment factor の 発 now を suppression す る new た な 発 suppression factor の now explore be 験 を line っ た. ミ ト コ ン ド リ ア ダ イ ナ ミ ク ス adjustment factor の posthumous son 伝 発 now adjust field (プ ロ モ ー タ ー field and び エ ン ハ ン サ ー) の レ ポ ー タ ー を constant に 発 now す る ヒ ト skeletal muscle cell lines を し, shRNA ラ イ ブ ラ リ ー を 発 now さ せ る レ ン チ ウ イ ル ス を infection さ せ, 薬 tonic に よ り infection し た cells の み を smoke Out of た. こ れ ら を の cells both FACS を with い て 蛍 light intensity (プ ロ モ ー タ ー, エ ン ハ ン サ ー の activity) が raised addition, も し く は low す を る cells choose don't し た. <s:1> れら <s:1> cells よ ゲノム ゲノムDNA samples extracted and refined を rows った. This reuse い た shRNA ラ イ ブ ラ リ ー は mark heritage 伝 son の shRNA match column に plus え, should have 伝 に 応 seaborne す る バ ー コ ー ド match column が containing ま れ て い る. ShRNA part の DNA match column analysis は difficult で あ る こ と が more い た め, バ ー コ ー ド match column を mark と し た DNA match column を mark と し た nextgen シ ー ケ ン サ ー parsing line を っ た. Column dependent に PCR rights of working ratio が different な る こ と が to think さ れ た た め, PCR の サ イ ク ル number を floor (15 サ イ ク ル) before and after, か つ nextgen シ ー ケ ン サ ー で parsing may な very が な DNA quantity have to ら れ る PCR の be を 験 conditions carefully に optimization し た. This サ ン プ ル を with い て, バ ー コ ー ド match column を mark と し た nextgen シ ー ケ ン サ ー を with い た match column line analytical を っ い, alternate but 伝 の を selected rows っ た.

项目成果

大豆タンパク質βコングリシニンによる代謝改善効果

大豆蛋白β-伴大豆球蛋白的代谢改善作用

• 发表时间: 2022
• 作者: Suzuki Toshihide;Shimizu Makoto;Yamauchi Yoshio;Sato Ryuichiro;清水誠
• 通讯作者: 清水誠

Pathophysiological levels of GDF11 activate Smad2/Smad3 signaling and induce muscle atrophy in human iPSC-derived myocytes

GDF11 的病理生理水平激活 Smad2/Smad3 信号传导并诱导人 iPSC 衍生的肌细胞肌肉萎缩

• DOI: 10.1152/ajpcell.00341.2022
• 发表时间: 2022
• 期刊: American Journal of Physiology-Cell Physiology
• 影响因子: 5.5
• 作者: Honda Mikako;Makino Takumi;Zhao Xiaolin;Matsuto Mariko;Sakurai Hidetoshi;Takahashi Yu;Shimizu Makoto;Sato Ryuichiro;Yamauchi Yoshio
• 通讯作者: Yamauchi Yoshio

低タンパク質誘導性脂肪肝を制御する新たな転写因子の同定

控制低蛋白诱导脂肪肝的新转录因子的鉴定

• 发表时间: 2021
• 作者: 清水誠;鄭力榕 ;不野歩美;梅村真理子;高橋勇二;山内祥生;佐藤隆一郎
• 通讯作者: 佐藤隆一郎

Comparison of gene expression and activation of transcription factors in organoid-derived monolayer intestinal epithelial cells and organoids

类器官来源的单层肠上皮细胞和类器官中基因表达和转录因子激活的比较

• DOI: 10.1093/bbb/zbab136
• 发表时间: 2021
• 期刊: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry
• 作者: Takahashi Yu;Inoue Yu;Kuze Keitaro;Sato Shintaro;Shimizu Makoto;Kiyono Hiroshi;Yamauchi Yoshio;Sato Ryuichiro
• 通讯作者: Sato Ryuichiro

Orange peel extract reduces the inflammatory state of skeletal muscle after downhill running via an increase in IL-1RA

• DOI: 10.1093/bbb/zbab049
• 发表时间: 2021-03-19
• 期刊: BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY
• 影响因子: 1.6
• 作者: Suzuki, Toshihide;Shimizu, Makoto;Sato, Ryuichiro
• 通讯作者: Sato, Ryuichiro