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遺伝子修復技術を用いた希少標本からの遺伝情報抽出と時空間的遺伝子動態解析

利用基因修复技术从稀有标本中提取遗传信息并进行时空基因动态分析

基本信息

批准号：
20658011
负责人：
平塚和之
金额：
$ 2.3万
依托单位：
Yokohama National University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20658011/
关键词：
さび病菌遺伝子遺伝子修復菌類ウイルス

项目摘要

イネ科植物のさび病菌のモデル系として、赤さび病菌(Puccinia recondita)とススキさび病菌(Puccinia miscanthi)を実験材料として各種実験系を試行した。その結果、微量サンプルからのDNA抽出手法の確立に成功し、Puccinia属菌に共通すると思われる染色体DNA領域のPCR増幅等は比較的容易に実施できたが、数十年経過した比較的古い罹病葉のさく葉標本からの核酸抽出は困難な例が多かった。また、DNA修復系を用いた場合、確実に有効である例もあったが、効果が一定せず、その検証にはさらなる実験が必要であると考えられた。今後は、使用する酵素の選択、超微量サンプルからの核酸抽出方法の検討が重要であると思われる。また、本研究費でバージョンアップしたした高性能CCDカメラによる発光検出で、発光ラベルした核酸断片の検出定量が容易となったので、核酸の相同性を微量サンプルで直接検出定量・評価可能な系の開発を試みたが、顕微鏡システムとの接続の問題を解決できず、メンブレンハイブリダイゼーションによる検出に止まった。一方、メダケ赤衣病菌(Stereostratum corticioides)を用いたウイルス2本鎖RNAに関する実験は、数十年経過したサンプルからの抽出は極めて困難であることが判明した。しかし、数年程度の室温保存した乾燥標本からの抽出は可能であったことから、それらを用いたウイルス由来の2本鎖RNA成分の配列変異の検討は可能であると思われ、今後は微量の2本鎖RNAからの効率よいcDNA合成方法等も併せて開発する必要はあるが、さらに検討することにより興味深いデータが得られる可能性が高いと考えられる。

A variety of biological systems were tested for Puccinia recondita and Puccinia miscanthi. The results showed that the DNA extraction method was successful in establishing trace amounts, and the PCR amplification in the chromosome DNA domain of Puccinia spp. was easy to implement and difficult to extract after decades of comparison. The DNA repair system is used in certain situations, and the results are certain. In the future, it will be important to discuss the selection of enzymes and nucleic acid extraction methods in ultra-micro-scale. This study aims to improve the detection and quantification of nucleic acid fragments in high-performance CCDs, to improve the accuracy of detection and quantification of nucleic acid fragments, to improve the accuracy of detection and quantification of nucleic acid fragments, and to improve the accuracy of detection and quantification of nucleic acid fragments. A party, the red coat pathogen (Stereostratum corticioides), the use of the two lock RNA related to the development of decades of history, the extraction of the extremely difficult to identify. In the future, it is possible to extract small amounts of 2-locked-RNA from dried samples stored at room temperature for several years, and it is possible to obtain different sequences of 2-locked-RNA components.