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ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索

人类基因组GC含量域结构分析及基因密集区搜索

基本信息

批准号：
11149226
负责人：
池村淑道
金额：
$ 1.66万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1999
资助国家：
日本
起止时间：
1999 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

染色体バンドに代表されるようなヒトゲノム上の大規模な構造の実体やその機能を分子レベルで解明することは、今後のゲノム解析に重要な知見を与える。特に、S期内で前半と後半に区分化さる複製タイミングは、染色体の機能構造を知るための重要なパラメーターを考えられている。ヒト11番染色体長腕(11q)の約80Mbの全域を対象に、190箇所のSTS部位の複製タイミングを解析し、11q全域の詳細な複製タイミング地図を塩基配列レベルの精度で作成した。具体的な測定法としては、ヒト培養細胞を60分間ブロモデオキシウリジンで標識した後、セルソーターを用いて、DNA含量を指標に細胞周期により6分画する。免疫沈降法によりブロモデオキシウリジンで標識された新生鎖の精製を行った後、複製タイミングを測定する部位のプライマーを用いた定量的PCRを行い、ゲル電気泳動後に各S期分画のバンドを定量した。解析の結果、ヒト11番染色体長腕(11q)の複製タイミングがS期前半から後半に明瞭に転換している領域を約20箇所特定し、S期前半と後半の複製領域がRとGバンド領域に対応することを明らかにした。また、GC含量の区分的分布と複製タイミングとの間に密接な関係があることも、ゲノム配列レベルで明らかにした。これらの結果に基づいて、染色体バンド境界の機能上ならびに構造上の要件を満たす部位を塩基配列レベルで特定できた。このような解析がヒトノゲムの全体に対しても適用可能であり、またこれからのゲノム研究に必須の基礎知見を与える解析法であることを実証できた。S期の早期に複製する領域で、遺伝子密度が特に高いことも判明し、遺伝子密度と複製タイミングとの間の明瞭な関係が明らかになった。

Chromosome バンドに stands for されるようなヒトゲノム on a large-scale な structure の実体やその machine It is important to understand the molecular structure of the molecule and to analyze it in the future. Special features include the differentiation of the first half and the second half of the S phase, and the functional structure of chromosomes. Chromosome 11 (11q) has a full range of approximately 80Mb and a copy of the STS site of 190イミングをAnalysisし, 11q global detailedなcopyタイミング地図を塩婩婩ルのprecisionでcreationした. Specific な measurement method, としては, ヒト cultured cells, 60-minute ブロモデオキシウリジンで markした后、セルソーターを Use いて、DNA content を Indicator にCell cycle により6 points draw する. Immunosedimentation method, によりブロモデオキシウリジンでidentification, された Shinsei lock, のrefined を row, った, replicate タイミングを determination The する parts of the のプライマーを were quantitatively analyzed using いた quantitative PCR and ゲルelectrophoresis after each S phase. The results of the analysis, the copy of the chromosome 11 (11q), the first half of the S phase, the second half of the S phase, and the second half of the S phase, it is clear that the chromosome is long and the wrist is long (11q). There are about 20 areas in the field that are specified, the first half of the S period and the second half of the copy field are the same as the Gバンド field. The distribution of the difference between the content and the GC content is the same as the close connection between the copy and the GC content.これらのRESULTS にbaseづいて, Chromosome バンド realm のFUNCTIONAL Requirements ならびにSTRUCTURE を満たす PART を塩base arrangement レベルでSpecific できた.このようなanalyticsがヒトノゲムの全に対してもApplicable であり、またこれかIt is necessary to study the basic knowledge and the analytical method to prove it. In the early stage of the S period, the reproduction area is clear, the density of the remaining areas is high, and the density of the remaining areas is clear, and the density of the remaining areas is clear.