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ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索

ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索
人类基因组GC含量域结构分析及基因密集区搜索
批准号：
09272224
负责人：
池村 淑道
金额：
$1.86万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1997
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1997 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09272224/
关键词：
バンド境界GABA受容体遺伝子NOTCH4MHC可塑性cAMP response elementGC含量の変移点CTGリピート

项目摘要

项目成果

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ヒトゲノムがGC含量のMbレベルの区分構造よりなり、この巨大区分構造が染色体バンド領域と関係することを報告してきた。生物学的意味に富んだバンドの属性と塩基配列との関係づけは、ゲノム解析における重要な課題である。MHCクラスIIとIIIの境界領域にシャープなGC含量の変移点を見い出していたが、S期内の複製タイミングを測定したところ、GC含量と複製タイミングの変移点が一致することが明らかになり、この変移領域がバンド境界の要件を満たすことが示された(Tenzen et al.,1997)。この現象の一般性を検証する目的で、クラスIからテロメア側の非MHC領域について、約1.5Mbのゲノム歩行を行い、GC含量分布の測定を行った。非MHC領域との境界部位に新たなGC含量の変移点が特定され、FISH解析により、6p21.3とp22.1の境界に対応することが示された。上記のゲノム解析を行う過程で、9個の新規遺伝子を見い出した。その内のGABA受容体B遺伝子については、完全構造の決定と転写開始点ならびに転写制御領域の解析を行った結果、約5kb離れて存在する2箇所のプロモーターより2種の転写産物が発現していることが判明した。第2プロモーターにのみCRE(cAMP response element)が存在しており、CRE/CREBによる発現調節機構により、GABAB受容体遺伝子が自己調節を受けていると予想され、シナプスの可塑性と関係する可能性が考えられる。クラスIIとIIIの境界領域に見い出したNOTCH4についても、完全遺伝子構造の決定を行い、顕著な多型性を示すCTGリピートを見い出した(Sugaya et al.,1997)。
期刊论文(6)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
椎名 隆: "Nucleotide sequencing analysis of the 146kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class l region." Genomics. in press. (1998)
Takashi Shiina：“HLA I 类区域着丝粒末端的 146kb 片段的核苷酸测序分析”（1998 年出版）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
菅谷 公彦: "Gene organization of human NOTCH4 and(CTG)n polymorphism in this human counterpart gene of mouse proto-oncogene Int3." Gene. 189. 235-244 (1997)
Kimihiko Sugaya：“小鼠原癌基因 Int3 的人类对应基因中的人类 NOTCH4 和 (CTG)n 多态性的基因组织。189. 235-244 (1997)”
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
天前豊明: "Precise switching of DNA replication timing in the GC content transition area in the human major histocompatibility complex." Mol.Cell.Biol.17. 4043-4050 (1997)
Toyoaki Tenzen：“人类主要组织相容性复合体中 GC 含量转换区域的 DNA 复制时间的精确切换。”17 4043-4050 (1997)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
安藤 麻子: "Triplet repeat polymorphism with in the NOTCH4 gene located near the junction of the HLA class II and class III regions in narcolepsy." Tissue Antigens. 50. 646-649 (1997)
Asako Ando：“组织抗原中位于 HLA II 类和 III 类区域交界处附近的 NOTCH4 基因的三重重复多态性。” 50. 646-649 (1997)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 6 条
    全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
    全ゲノム情報に基づいた病原微生物と常在菌の多様性と病原遺伝子に関する情報学的研究
    • 批准号：
      17019018
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $0.83万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      池村 淑道
    • 依托单位：
      The Graduate University for Advanced Studies
    ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
    • 批准号：
      16014225
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $2.3万
    • 财政年份：
      2004
    • 负责人：
      池村 淑道
    • 依托单位：
      The Graduate University for Advanced Studies
    ゲノムに潜むシグナル・モチーフ部品の網羅的探索のための自己組織化地図
    • 批准号：
      15014231
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $2.24万
    • 财政年份：
      2003
    • 负责人：
      池村 淑道
    • 依托单位：
      National Institute of Genetics
    海外基金