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ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索

人类基因组GC含量域结构分析及基因密集区搜索

基本信息

批准号：
09272224
负责人：
池村淑道
金额：
$ 1.86万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09272224/
关键词：
バンド境界 GABA受容体遺伝子 NOTCH4 MHC 可塑性 cAMP response element GC含量の変移点 CTGリピート

项目摘要

ヒトゲノムがGC含量のMbレベルの区分構造よりなり、この巨大区分構造が染色体バンド領域と関係することを報告してきた。生物学的意味に富んだバンドの属性と塩基配列との関係づけは、ゲノム解析における重要な課題である。MHCクラスIIとIIIの境界領域にシャープなGC含量の変移点を見い出していたが、S期内の複製タイミングを測定したところ、GC含量と複製タイミングの変移点が一致することが明らかになり、この変移領域がバンド境界の要件を満たすことが示された(Tenzen et al.,1997)。この現象の一般性を検証する目的で、クラスIからテロメア側の非MHC領域について、約1.5Mbのゲノム歩行を行い、GC含量分布の測定を行った。非MHC領域との境界部位に新たなGC含量の変移点が特定され、FISH解析により、6p21.3とp22.1の境界に対応することが示された。上記のゲノム解析を行う過程で、9個の新規遺伝子を見い出した。その内のGABA受容体B遺伝子については、完全構造の決定と転写開始点ならびに転写制御領域の解析を行った結果、約5kb離れて存在する2箇所のプロモーターより2種の転写産物が発現していることが判明した。第2プロモーターにのみCRE(cAMP response element)が存在しており、CRE/CREBによる発現調節機構により、GABAB受容体遺伝子が自己調節を受けていると予想され、シナプスの可塑性と関係する可能性が考えられる。クラスIIとIIIの境界領域に見い出したNOTCH4についても、完全遺伝子構造の決定を行い、顕著な多型性を示すCTGリピートを見い出した(Sugaya et al.,1997)。

This paper reports on the relationship between GC content and Mb, and the relationship between Mb and Mb. Biological implications include the properties and relationships of genes, their molecular structure, and their analysis. MHC II and III boundary areas change point to see the middle, S period of replication, GC content and replication, change point to be consistent, change field to see the middle, S period of replication, change point to be consistent (Tenzen et al., 1997)。For the purpose of general demonstration of this phenomenon, the measurement of GC content distribution was carried out in the non-MHC domain on the side of the test, about 1.5 Mb of test run time. The new GC content shift point in the non-MHC domain and the boundary position are specified, and the FISH analysis is performed on the 6p21.3 and p22.1 boundary positions. In the above note, the analysis of the process, 9 new rules and regulations are shown in the middle. The GABA receptor B gene in the sample was completely constructed, and the starting point and control domain of the sample were determined. The analysis results showed that there were about 5kb of GABA receptor B gene in the sample, and 2 kinds of GABA receptor B gene were found in the sample. Second, the CRE(cAMP response element) in the receptor is present in the CRE/CREB regulatory mechanism, and the GABAB receptor gene is self-regulated. (Sugaya et al., 2001). The domain of domain II and III is described in detail in NOTCH4, and the determination of complete genetic structure is described in detail in this paper. 1997)。