ＳＦＸを用いたＨＩＶアクセサリータンパク質と宿主制限因子の複合体の動的構造の解明

使用 SFX 阐明 HIV 辅助蛋白和宿主限制因子复合物的动态结构

• 批准号: 16F16111
• 负责人: 大塚 雅巳
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Kumamoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-22 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16F16111/
• 关键词: HIV; MA; IP6; SFX; Vpx

①SAMHD1およびDCAF1タンパク質を発現し精製することに成功したが、アクセサリータンパク質Vpxを精製するには至らなかった。E. coliの系統を変える、GSTタグをもつVpxタンパク質を構築するなど試みたが、結晶精製スクリーニングに必要なVpx-SAMHD1-DCAF1三者複合体を形成するに十分な濃度のVpxタンパク質を得るに至らなかった。②MA-IP6複合体結晶を得ることができ、2つの異なった形の結晶を回折実験に供し、2.7および2.5 Åの分解能で結晶構造を解くことができた。予想したとおり、IP6分子はタンパク質の塩基性の高い領域のアミノ酸残基と相互作用していた。両結晶のパッキングについてはMAの集合とIP6分子との観点から議論することができる。現在、スタンフォード大学との共同研究により、大阪のSACLAの2018年5月のビームタイムにおいてIP6のナノ結晶の室温におけるSFX実験を行っているところである。③トルコ薬用植物と合成化合物を基軸とした医薬スクリーニングについては、benzyl 3-hydroxy-23-oxoolean-12-en-28-oateがBcr-Abl陽性のK562細胞に対して最も有効で（IC50は9.3 μM）、腫瘍特異性とアポプトーシス誘導活性を示した。本化合物はAblプロテインキーゼを低いマイクロモルオーダーのIC50値で阻害するが、BRK, BTK, CSK, LYN BおよびSRCキナーゼに対する阻害効果はイマチニブより高いものであった。さらに、本化合物とBcr-Ablの複合体のドッキングシミュレーションの結果ベンジルエステル部分が幾つかの重要なアミノ酸残基と結合および疎水性相互作用を持つことが示された。全体として、本研究でジプソジェニン誘導体がキナーゼ阻害剤の新しいクラスとなることを示した。

SAMHD1 and DCAF1 were successfully refined for quality detection. E. coli system, GST system, Vpx system, Vpx system 2. MA-IP6 complex crystals are obtained by the decomposition of 2.7 and 2.5 crystals. It is expected that IP6 molecules will interact with each other in the high domain of basic nature. The crystal structure is composed of MA and IP6 molecules. At present, the joint research center of Osaka's SACLA in May 2018 is in the process of developing IP6 crystals at room temperature 3. Benzyl 3-hydroxy-23-oxoole-12-en-28-oate has the most potent activity (IC50 = 9.3 μM), tumor-specific, and tumor-inducible activity against Bcr-Abl positive K562 cells. The compound has the IC50 value of Abl, BTK, CSK, LYN B and the IC50 value of Abl, BTK, CSK, LYN B. In addition, the compound and Bcr-Abl complex of the structure of the results of the structure of the structure. All of the above research shows that the new method of preventing and treating diseases is very effective.

项目成果

tructural Basis of Inositol Phosphate Recognition in the HIV-1 Gag Matrix

HIV-1 Gag 矩阵中肌醇磷酸识别的结构基础

• 发表时间: 2017
• 作者: Halil I Ciftci;Hiroshi Tateishi;Kotaro Koiwai;Ryoko Koga;Masami Otsuka;Mikako Fujita;Fumiaki Yumoto;Toshiya Senda
• 通讯作者: Toshiya Senda

Zinc binding site of HIV-2 Vpx prevents instability and dysfunction of the protein.

• DOI: 10.1099/jgv.0.000701
• 发表时间: 2017-02
• 期刊: The Journal of general virology
• 作者: Minami Yamamoto;Ryoko Koga;Haruna Fujino;Kazunori Shimagaki;Halil I. Ciftci;Masahiro Kamo;Hiroshi Tateishi;M. Otsuka;M. Fujita

Restructuring of the bleomycin Metal Core

博来霉素金属核心的重组

• 发表时间: 2016
• 作者: Taha F. S. Ali;Satomi Ida;Yosuke Kanemaru;Ryoko Koga;Ayumi Tanaka;Akiyuki Hamasaki;Tomohiko Ejima;Mohamed Osman Radwan;Halil Ibrahim Ciftci;Hiromasa Kurosaki;Yoshinari Okamoto;Mikako Fujita;Masami Otsuka
• 通讯作者: Masami Otsuka

Se-SAD serial femtosecond crystallography datasets from selenobiotinyl-streptavidin.

• DOI: 10.1038/sdata.2017.55
• 发表时间: 2017-04-25
• 期刊: Scientific data
• 影响因子: 9.8
• 作者: Yoon CH;DeMirci H;Sierra RG;Dao EH;Ahmadi R;Aksit F;Aquila AL;Batyuk A;Ciftci H;Guillet S;Hayes MJ;Hayes B;Lane TJ;Liang M;Lundström U;Koglin JE;Mgbam P;Rao Y;Rendahl T;Rodriguez E;Zhang L;Wakatsuki S;Boutet S;Holton JM;Hunter MS
• 通讯作者: Hunter MS

Significance of Zinc Binding Site of HIV-2 Vpx

HIV-2 Vpx 锌结合位点的意义

• 发表时间: 2016
• 作者: Minami Yamamoto;Ryoko Koga;Haruna Fujino;Kazunori Shimagaki;Halil Ibrahim Ciftci;Masahiro Kamo;Hiroshi Tateishi;Masami Otsuka;Mikako Fujita
• 通讯作者: Mikako Fujita