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新規DNA結合モチーフ"TTpocket"を有する機能タンパク質の探索

寻找具有新型 DNA 结合基序“TTpocket”的功能蛋白

基本信息

批准号：
18657057
负责人：
正井久雄
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Tokyo Metropolitan Organization for Medical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

大腸菌PriAタンパク質は、停止した複製フォークを認識して結合する。PriAはN端180アミノ酸の領域にDNA結合ドメインを有し、停止複製フォークの構造を認識する。このDNA結合ドメインのN端側105アミノ酸内にDNA鎖の3'末端(three-prime terminus)を特異的に認識するポケット構造(TT pocket)が存在することを明らかにした。その高次構造をX線結晶構造解析で明らかにし、塩基配列非依存的な核酸末端の認識の構造的基盤を解明した。さらに、構造から予想される、核酸認識に重要なアミノ酸残基の置換により、3'末端認識が喪失した。現在これらの構造情報に基づき、同様な構造を有すると期待される構造をdata baseから探索することにより、他生物種、とくに真核細胞(動物細胞および分裂酵母)におけるTT pocketタンパク質の探索を行っている。また結合アッセイを用いて、in vitroにおける3'末端特異的な結合を指標に、期待される結合能を有するタンパク質の生化学的同定も行った。得られたタンパク質のMASS解析から、これらはヌクレオチド代謝に関与する酵素、およびアミノアシルtRNA合成酵素のひとつであった。これらは、いずれもヌクレオチドあるいは核酸に結合する酵素であり、DNA末端に依存した結合を示すことが説明される。現在、さらに結合活性を有する因子の探索をすすめている。また、PriA欠損株の機能相補を指標としたアッセイ系によるスクリーニングも計画している。また、PriA欠損株の機能相補を指標としたアッセイ系によるスクリーニングも計画している。

The PriA fungus is not required, and the replication is stopped. The N-terminal of PriA is 180. The field of DNA is combined with the information of the computer, and the copy is not available. The combination of the DNA and the N-terminal of the DNA terminal (three-prime terminus) is sensitive to the information that exists in the TT pocket system. The purpose of this paper is to analyze the X-ray crystal analysis of the high-quality X-ray, and the base array is independent of the nucleic acid terminal DNA recognition. The purpose of this study is to determine whether the nucleic acid residues are important, the acid residues are not located, and the 3 'end is misunderstood. At present, we are looking forward to the creation of data base genes, animal species, eukaryotic cells (animal cells, mitotic yeast), and so on. We are looking forward to the exploration of TT pocket genes. We hope that we can use the same method of biochemistry in combination with the special end of in vitro, and we expect that there will be some homology of biochemistry in the same way. In this paper, we got the results of MASS analysis, enzyme analysis, tRNA synthesis enzyme and enzyme analysis. The combination of nucleic acid (Nucleic acid), enzyme enzyme (enzyme) and DNA terminal dependency assay showed that there was a significant difference between the two groups. At present, there are many factors that can be used in combination with the activity. The equipment and PriA are in short supply to each other. This means that the system is related to the planning and operation of the project. The equipment and PriA are in short supply to each other. This means that the system is related to the planning and operation of the project.