網羅的エピゲノムデータのモチーフ解析によるmiRNAの転写制御への関与の検討

通过综合表观基因组数据的基序分析检查 miRNA 在转录调控中的参与

• 批准号: 20016002
• 负责人: 畑田 出穂
• 金额: $ 5.44万
• 依托单位: Gunma University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20016002/
• 关键词: エピジェネティクス; マイクロアレイ; DNAメチル化; miRNA; DNAメチル

<研究の目的と進め方>我々はこれまでマイクロアレイを用いたDNAメチル化の網羅的解析法であるMIAMI法を用いて肺癌と正常肺との比較し、癌で脱メチル化されている配列の近傍において有意に多い配列が、はmicroRNA(miRNA)のひとつで3'側に末端の配列と一致していることをみいだした。ところで哺乳類でRNAinterference(RNAi)機構と転写の関係はあまりわかっていないが、最近、プロモーター配列に対する21merの2重鎖RNA(dsRNA)を導入することにより転写活性化がおこるdsRNA-induced gene activation(RNAa)という現象が報告されている。そこで我々はmiRNAの転写制御への関与の検証をおこなう。さらにMIAMI法による解析の対象を癌以外にも広げてデータベース化し、同様のモチーフ解析、機能の検証を進め、見つかってきた転写制御miRNAの共通性を探る。<2009年度の成果>転写開始点近傍にmiRNAと相補性をもつ遺伝子を数え上げ、転写開始点近傍にそのターゲットが有意に濃縮しているかどうかを調べた。その結果、転写開始点上流でmiRNAとマッチする配列がランダムな配列と比べて有意に多いことがわかった。一方センス鎖とアンチセンス鎖との間でターゲットの出現頻度の差はなかった。またこれらのmiRNAの中でmiR-663が最もそのターゲットが転写開始点近傍に多いことがわかった。miR-663は乳がんで発現が減少していることが報告されているが(Lehmann U et al.J Pathol.2008 ; 214(1): 17-24.)、ターゲットとなる転写開始点近傍領域をもつ遺伝子のオントロジー解析をおこなったところ、興味深いことにシグナル伝達やキナーゼといった遺伝子が有意に多かった。

<Purpose of the study> We have developed a new approach to DNA mapping using MIAMI to compare lung cancer with normal lung cancer, and to map microRNA(miRNA) sequences near the 3'end. Mammalian RNAi interference (RNAi) mechanisms are closely related to the introduction of dsRNA-induced gene activation(RNAa) into mammalian dsRNAi. The miRNA system is designed to detect and detect miRNA. In addition, the MIAMI method is used to explore the commonality of miRNA in the analysis of target genes, the analysis of target genes, the identification of function, and the identification of target genes. <2009 results> miRNA complementarity near the start point of writing, the number of miRNAs near the start point of writing, and the number of miRNAs near the start point of writing. As a result, the miRNA is assigned to the upstream of the writing start point, and the miRNA is assigned to the upstream of the writing start point. The difference in frequency of occurrence of a single lock MiRs-663 are located near the start of the novel. MiRs-663 have been reported to be less common (Lehmann U et al. J Pathol.2008 ; 214(1): 17-24.), The first part of the article is about the analysis of the content of the article. The second part is about the analysis of the content of the article.

项目成果

Profiling of DNA methylation targets

DNA 甲基化靶标分析

• 发表时间: 2008
• 作者: Aoyagi T;et al.;Shizuo Akira;T.Matsumoto;Hatada I
• 通讯作者: Hatada I

A comparative analysis of the transcriptome and signal pathways in hepatic differentiation of human adipose mesenchymal stem cells

• DOI: 10.1111/j.1742-4658.2008.06287.x
• 发表时间: 2008-03-01
• 期刊: FEBS JOURNAL
• 影响因子: 5.4
• 作者: Yamamoto, Yusuke;Banas, Agnieszka;Ochiya, Takahiro
• 通讯作者: Ochiya, Takahiro

Astrocyte-specific genes are generally demethylated in neural precursor cells prior to astrocytic differentiation.

• DOI: 10.1371/journal.pone.0003189
• 发表时间: 2008-09-11
• 期刊: PloS one
• 影响因子: 3.7
• 作者: Hatada I;Namihira M;Morita S;Kimura M;Horii T;Nakashima K
• 通讯作者: Nakashima K

Dicer is required for maintaining adult pancreas.

维护成年胰腺需要迪切尔。

• DOI: 10.1371/journal.pone.0004212
• 发表时间: 2009
• 期刊: PloS one
• 影响因子: 3.7
• 作者: Morita S;Hara A;Kojima I;Horii T;Kimura M;Kitamura T;Ochiya T;Nakanishi K;Matoba R;Matsubara K;Hatada I
• 通讯作者: Hatada I

Geome-wide demethylation during neural differentiation of P19 embryonal carcinoma cells

P19胚胎癌细胞神经分化过程中全基因组去甲基化

• 发表时间: 2008
• 期刊: J Hum Genet 53
• 作者: Hatada I,Morita S;Kimura M;Horii T;Yamashita R & Nakai K
• 通讯作者: Yamashita R & Nakai K